Con el año 2001 llegó un nuevo ascenso del Xerez a Segunda, consumado con una victoria ante el CD Toledo por 2-0 en el Municipal de Chapín, osasuna camisetas éxito que provocó una enorme invasión de campo por parte de los aficionados. Los entrenadores de más éxito en el equipo alicantino han sido Manuel Suárez de Begoña que ostenta el honor de ser el único en la historia del club en conseguir dos ascensos -además consecutivos- en los años 1930 si bien el primero fue tras una decisión federativa. El Hércules de los años 1970 vivió la mejor época en la historia de este equipo, con Arsenio en el banquillo y José Rico Pérez en la presidencia. Posteriormente, en la historia del equipo sobresale con fuerza otro entrenador, Arsenio Iglesias. Los ascensos a Primera fueron conseguidos cronológicamente por Manuel Suárez, Francisco Pagaza, Amadeo Sánchez, Luis Belló, Arsenio Iglesias, Carlos Jurado, Manolo Jiménez y Esteban Vigo.
Actualmente el entrenador es Carlos de las Cuevas. La promoción se desarrolla de conformidad con lo establecido en las presentes Bases. La temporada 1940/41 el club continuó su progresión, quedando subcampeón de Regional A. En consecuencia, al término de la campaña disputó la Tercera División, que por entonces era la denominación de la liguilla final de promoción a Segunda División. Pero si no nos pitan el penaltito al final contra el Villarreal y si ganamos al Alavés estaríamos mucho más arriba. Jorge Pascual ( Villarreal C.F. Alejandro Sotillos ( C.F. Franck Angong ( C.F. Hernando Almodóvar ( Cádiz C.F. Debido a que la letra se acopló al «Pasacalle de los nardos» de la comedia musical «Las Leandras» el himno se convirtió de dominio popular en la época. Se puede considerar como primer himno del Hércules, un cuplé de 1933, titulado «Hércules F.C.» Los autores de la letra fueron Manolo Pacheco y Agustín Rodrigo, la música del maestro Alonso. El letrista fue Alfredo Garrido, mientras que el maestro alicantino afincado en Madrid José Torregrosa puso la música. En la temporada 2007-08 el Hércules CF adquirió un acuerdo de colaboración con club alicantino Sporting CF Plaza de Argel de la Primera Nacional de Fútbol Femenino.
Junto al club avilesino rubrican el acuerdo de formación: Gijón Foot-ball Club, Club Deportivo Ovetense, Racing Club Gijón, Real Club Sporting Gijonés y Racing Club de Sama. En 1994 el estadio pasa a ser propiedad municipal, tras el acuerdo del Club y el Ayuntamiento por el cual este último compraba la instalación por 900 millones de las antiguas pesetas, para que el Club cancelara sus deudas y realizara la conversión en Sociedad Anónima Deportiva. Desde 2003 las aficiones de ambos equipos estrecharon lazos de amistad a través de internet, incluso existe una peña del Hércules CF llamada Iraklis. El Hércules Club de Fútbol B juega en la Tercera División Grupo 6 y desde 1996 su mayor logro ha sido jugar en Tercera División durante una temporada. Su primer gol de la temporada 2017-18 en la Segunda División de España lo marca el 19 de enero en la victoria dos por 1 sobre el Real Zaragoza. En la copa del rey fue eliminado por la Real Sociedad. En su primera temporada en el equipo blanquiazul logró el ascenso a Primera, y en su segunda se quedaba con el amargo sabor de no disputar la Copa de la UEFA por la diferencia de goles con el 4.º clasificado, la Real Sociedad.
El 15 de junio de 2019 consigue el ascenso a Tercera División. St. Johnstone Football Club Desde 2019 aproximadamente las peñas «Curva Sur» (Hércules) y «Fair city unity» (Johnstone) se declararon hermanas, asistiendo a partidos de ambos clubes y luciendo sus banderas. Respecto a las nacionalidades de los entrenadores del Hércules, predominan absolutamente los entrenadores españoles, si bien otras 7 nacionalidades diferentes han ocupado el banquillo, como por ejemplo la húngara con tres míticos personajes como Hertzka, Kocsis o Kálmár; o la inglesa de los entrenadores pioneros hasta la fecha documentados, como Finning o mister Harris. Construido por el Hércules, fue inaugurado el 3 de agosto de 1974 con un partido amistoso entre el Hércules Club de Fútbol y el FC Barcelona. En los primeros años del Hércules F.C. En él se disputaron tres partidos del Campeonato Mundial de Fútbol España 1982, dos de ellos de la fase previa en la que actuaba la Selección de Argentina como local, y el partido por el tercer y cuarto puesto disputado por Francia y Polonia, resultando ganador el equipo polaco.