En 2019 con Gustavo Alfaro como técnico Boca se consagra campeón de la Supercopa Argentina 2018 tras derrotar por penales 6-5 al Club Atlético Rosario Central luego de igualar 0-0 en tiempo reglamentario sumando así su título número 68, sin embargo perdería la final de la Copa de la Superliga 2019 contra Club Atlético Tigre por 2-0, y luego caería eliminado por 3-1 en penales de la Copa Argentina 2019 contra el Club Almagro. El resultado en cero derivó a los equipos a la tanda de penales, la cual terminó 6-5 a favor del equipo brasileño. Temporadas contabilizadas con ficha del primer equipo. Baggio jugó para Italia en 56 partidos, anotando 27 goles, y es el cuarto máximo goleador conjunto de su selección nacional, junto con Alessandro Del Piero. En cuartos de final el onceno vallecaucano se encontraría con Atlético Nacional, camiseta futbol baratas que había terminado de primero a 13 puntos del Cali. Boca finalizó como último primero con diez (10) puntos en seis (6) partidos jugados.
Sebastián Battaglia. El 8 de Diciembre, Boca enfrentó a Talleres en la final de la Copa Argentina 2019-20, en el tiempo reglamentario terminó 0 a 0 en un partido muy trabado y con un jugador menos en la mayor parte del Segundo Tiempo, por la expulsión de Juan Ramírez. En el ámbito local, Boca disputó la final de la Copa de la Liga Profesional de Fútbol de AFA 2020, renombrada como, Copa Maradona contra Banfield, tras salir primero en las dos zonas que jugó, donde enfrentó a Lanús, Newell’s y Talleres (Primera fase) y en la Fase Campeonato a Arsenal, Argentinos, Independiente, River y Huracán. Boca debutó en la Libertadores el 5 de abril de ese mismo año, siendo derrotado en Palmira por Deportivo Cali (2:0), posterior a esto recibió a Always Ready en Buenos Aires, el partido finalizó 2:0 a favor del equipo de La Ribera. En 1955 el equipo vuelve al primer puesto con 45 puntos.
El partido final fue transmitido únicamente por cable prepago, alcanzando una audiencia récord en Argentina para un canal de cable, de 40 puntos de índice de audiencia. 10° colocación de la Copa de la Liga Profesional, aunque todavía con chances de clasificar a la Copa Libertadores del siguiente año por medio de la Copa Argentina. En julio de 2019, llegó a Boca un refuerzo de notable trayectoria y campeón de la Copa del Mundo de 2006, el italiano Daniele De Rossi. Con motivo de varios centenarios de clubes a finales del siglo XX y principios del XXI, muchos equipos lanzaron al mercado camisetas conmemorativas de la ocasión, como por ejemplo Boca Juniors, que en 2005 sacó una camiseta similar a una usada en 1907, o el Inter de Milán, que diseñó un modelo que incluye la cruz de San Jorge, patrono de la ciudad. Fue elegido por la FIFA el 12.º club de fútbol más grande del siglo XX y fue considerado por la IFFHS como el noveno mejor club europeo del siglo XX.
Dos meses más tarde, se confirmó que Fernando Gago abandonaría el club xeneize tras la rotura del tendón de Aquiles sufrida en su último partido. Posteriormente, en la 2007-08 sufrió la segunda lesión de rodilla, que le impidió de igual modo completar la temporada y sufrir 11 meses de convalecencia. En octubre de 2008, Magaly Medina junto a su productor Ney Guerrero fueron sentenciados a 5 meses de prisión tras haber sido hallada culpable por el delito de difamación. El 23 de octubre de 2022, los ahora dirigidos por Hugo Ibarra, se consagran campeones de la Liga Profesional de Fútbol Argentino tras empatar 2-2 con Independiente en la última fecha, camiseta de futbol superando a Racing Club por 2 unidades. Además, ganó la Copa de Alemania en su primer año en el Schalke 04, la Supercopa de Alemania al inicio de su segunda campaña en el club alemán, la Liga de Catar en su primera temporada en el fútbol asiático, la Copa del Emir en su segunda temporada y la Copa del Jeque Jassem. En la Copa Argentina 2019-20, disputada en 2021 debido a la pandemia de COVID-19, Boca eliminó a Claypole y a Defensores de Belgrano en 32avos y 16avos de final respectivamente.